気功は効果が高い反面、間違った方法で行うと実は偏差を起こすことがある。体調が悪くなったり、心身に苦痛をもたらしことさえありうる。正しいやり方を学ばないで、我流で無理な腹式呼吸をしたり、気を無理に体に巡らせたりした時や、いろんな功法を勝手に混ぜてすると、偏差を起こしやすいといわれている。
しかし、智能気功は自然呼吸で、体内の気の流れを意識せずに練功の動作に集中して、自然に体の気と大自然の気を交流させるので無理がない、たとえ動作が不完全でも、また一人でやっても偏差を起こす可能性がない。今までに、偏差を起こした人もいない。智能気功は人々を健康にするために作られた安全な養生気功である。